São institutos que compõem a estrutura acadêmica da UFOPA:
Instituto de Ciências da Educação (ICE)
Mantém os programas de bacharelado interdisciplinar em Ciências Exatas e Naturais; Ciências Sociais; Letras e Artes; Pedagogia.
Instituto de Biodiversidade e Florestas (IBF)
Mantém os programas de bacharelado interdisciplinar em Agroecologia e Química de Produtos Naturais.
Instituto de Ciências da Sociedade (ICS)
Mantém os programas de bacharelado interdisciplinar em Direito e Ciências da Sociedade.
Instituto de Engenharia e Geociências (IEG)
Mantém os programas de bacharelado interdisciplinar em Ciências e Tecnologias; Ciências da Terra; Tecnologia da Informação e da Computação.
Instituto de Ciência e Tecnologia das Águas (ICTA)
Mantém os programas de bacharelado interdisciplinar em Ciências Biológicas e Ciência e Tecnologia das Águas.
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